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自動化高通量的單AG8.AG亚游官网差異表達分析
品牌 Code No. 產品名稱 包裝量 價格(元) 說明書 數量
Clontech 640164 ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit 1 Rxn 詢價
Clontech 640165 ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit 3 Rxn 詢價
Clontech 640166 ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit 5 Rxn 詢價
SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit—
高通量、高品質、更經濟的單AG8.AG亚游官网3’端轉錄組分析解決方案
· 高通量單AG8.AG亚游官网分析:同時生成上千單AG8.AG亚游官网測序數據
· 樣品靈活性高:一次實驗可同時對8個不同樣品進行單AG8.AG亚游官网分析
· mRNA 3’端捕獲測序:mRNA 3’端捕獲測序差異表達分析所需reads數更少
· 更少樣品處理:自動完成文庫構建前的AG8.AG亚游官网分離、挑選及混樣,偏差更小
· 兼容illumina平台:構建的文庫支持illumina平台測序
 
■ 產品說明
通過結合Takara Bio單AG8.AG亚游官网RNA-Seq文庫構建的技術優勢及SMARTer ICELL8 system單AG8.AG亚游官网分選的優良性能,SMARTer ICELL8 3’DE實驗流程能夠一次製備最多八個不同樣品的illumina文庫,可高通量地分析單AG8.AG亚游官网基因表達差異。
SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit (Code No. 640164, 640165, 640166) 是配套SMARTer ICELL8 Single-Cell System(需另行購買)使用的產品。試劑盒中包含具有5,184個微孔的Chip及cDNA合成、illumina文庫構建的試劑。
Chip各孔預先固相化了Barcodes,ICELL8係統能將AG8.AG亚游官网和RT-PCR反應試劑注入孔中,並在Chip上完成活的單AG8.AG亚游官网捕獲及指定孔cDNA合成。RT-PCR反應後,從芯片上收集混合的cDNA產物,並純化。基於轉座酶法富集mRNA 3’端來源的cDNA,隨後通過PCR擴增反應整合入illumina index序列。
通過每個微孔特異的Barcode序列,能從測序數據中回溯每個活的單AG8.AG亚游官网來源的數據,並可基於mRNA 3’端統計,進行差異基因表達分析。因此,由於一次能獲得上千活的單AG8.AG亚游官网3’端高品質測序數據,該試劑盒提供了高效、經濟的高通量單AG8.AG亚游官网差異表達分析解決方案。
 
圖1 SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit工作流程圖。
 
圖2 選取iPSAG8.AG亚游官网分化至心肌AG8.AG亚游官网過程中的四個時間點(Day1/3/9/21),用SMARTer ICELL8 Single-Cell System進行單AG8.AG亚游官网高通量3’末端轉錄組分析,共獲得約1,000個活的單AG8.AG亚游官网,平均每個AG8.AG亚游官网超過120,000 reads,測得1,200個基因(最大為750,000 reads,測得4,500個基因);tSNE分析結果可以看出不同分化階段的AG8.AG亚游官网存在明顯的基因表達差異。
 
 
參考文獻
1. Gao, R. et al. Nanogrid single-nucleus RNA sequencing reveals phenotypic diversity in breast cancer. Nat. Commun. 8, 228 (2017)
2. Aarts, M. et al. Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence. Genes Dev. 31, 2085-2098 (2017)
3. Kim et al. Chemoresistance evolution in Triple-Negative Breast cancer delineated by single-cell sequencing, Cell(2018)
4. Goldstein, L. D. et al. Massively parallel nanowell-based single-cell gene expression profiling.BMC Genomics 18, 519 (2017)
 
 
產品詳情請訪問以下英文網頁:
https://www.takarabio.com/products/automation-systems/smarter-icell8-systems
/smarter-icell8-applications/single-cell-differential-expression-analysis
 
 
 
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